Bei Moschusschildkröten gibt es nur ein sicheres Merkmal, um die Geschlechter voneinander zu unterscheiden: Bei Männchen ist der Schwanz deutlich länger und vor allem dicker als bei den Weibchen. Dadurch ist bei ausgestrecktem Schwanz die Kloake bei Männchen außerhalb des Panzers und näher an der Schwanzspitze, bei Weibchen ist diese nah am Panzer.
Männliche Moschusschildkröten haben auf der Innenseite der Hinterbeine Haftpolster, diese benötigen sie um sich während der Paarung beim Weibchen festzuhalten. Weibliche Moschusschildkröten haben keine Haftpolster.
Der oft zitierte Hornnagel am Ende des Schwanzes vom Männchen ist kein besonders gutes Merkmal zur Unterscheidung der Geschlechter, da dieser auch bei Weibchen häufig vorhanden ist.
Alle weiteren Kriterien, die sonst gerne herangezogen werden, funktionieren bei Moschusschildkröten nicht. Bei Schmuck- und Zielschildkröten der Gattungen Chrysemys spp., Trachemys spp. und Pseudemys spp. haben die Männchen längere Krallen als die Weibchen. Bei Moschusschildkröten ist dies nicht so:
Auch der Bauchpanzer bietet keine sonderlich gute Möglichkeit zur Unterscheidung der Geschlechter: Bei beiden ist er flach, jedoch haben Männchen meist mehr sichtbares Gewebe am Plastron – dies ist aber kein auf den ersten Blick offensichtliches Kriterium und fällt meist erst beim direkten Vergleich auf.
Jungtiere
Leider ist es bei Jungtieren noch nicht möglich, das Geschlecht zu bestimmen. Eine sichere Geschlechtsbestimmung ist bei Moschusschildkröten erst ab etwa 6 cm Panzerlänge möglich.
Als Jungtier sehen alle Moschusschildkröten aus wie Weibchen. Der große Schwanz, an denen Du ein Männchen erkennst, entwickelt sich erst später.
Wenn Du Deine junge Moschusschildkröte bei einem verantwortungsvollen Züchter erwirbst, so kann er eventuell doch eine wage Vorhersage machen, welches Geschlecht Deine Wasserschildkröte hat. Denn bei Moschusschildkröten hängt das Geschlecht von der Bruttemperatur ab. So schlüpfen bei 25-26,5 °C mehr Männchen als Weibchen, wohingegen sich bei 28-30 °C mehr Weibchen in den Eiern entwickeln.