Bei der Europäischen Sumpfschildkröte gibt es eine ganze Reihe an Merkmalen um Männchen und Weibchen zu unterscheiden. So sind die männlichen Emys orbicularis in der Regel dunkler gefärbt als die Weibchen. Das einzig sichere Merkmal ist jedoch ihr Schwanz. Die anderen Geschlechtsmerkmale (Bauchpanzer, Augenfarbe, Größe…) können nur in Kombination mit anderen Merkmalen Hinweise auf das Geschlecht geben. Viele Merkmale gelten auch nicht für alle der zahlreichen Unterarten von Emys orbicularis, deshalb sollte man sich nicht auf ein Merkmal verlassen, sondern mehrere Merkmale kombinieren.
Schwanz
Europäische Sumpfschildkröten (Emys orbicularis) haben im Vergleich mit vielen nordamerikanischen Wasserschildkröten einen relativ langen Schwanz, vor allem bei Schlüpflingen fällt das auf. Die recht langen Schwänze haben jedoch als Jungtiere sowohl Männchen als auch Weibchen. Erst später, wenn die Schildkröten fast geschlechtsreif sind, kann man anhand ihrer Schwänze die Geschlechter gut unterscheiden.
Der Schwanz von männlichen Europäischen Sumpfschildkröten ist dicker als bei Weibchen, außerdem liegt die Kloake (das ist der Ausgang für Kot, Urin und Geschlechtsprodukte) bei ausgestrecktem Schwanz weit außerhalb des Panzers.
Der Schwanz von weiblichen Emys orbicularis ist ähnlich lang wie bei Männchen, aber deutlich dünner. Außerdem ist die Kloake bei ausgestrecktem Schwanz in Höhe des Panzerrandes oder unter dem Panzerrand.
Bauchpanzer
Der Bauchpanzer von männlichen Europäischen Sumpfschildkröten ist konkav, also eingedellt. Bei Weibchen ist er hingegen flach. Die Delle im Bauchpanzer ist für die Paarung von Vorteil, wenn das Männchen beim Weibchen aufreitet.
Bei gleicher Panzerlänge ist der Bauchpanzer von Männchen kürzer als bon gleich großen Weibchen.
Größe
Weibchen der Europäischen Sumpfschildkröte werden größer als Männchen, außerdem ist ihr Panzer hochrückiger, sie sind insgesamt voluminöser als Männchen. Die occidentalis-Unterartengruppe (Emys o. occidentalis sowie die ehemaligen Unterarten Emys o. hispanica und Emys o. fritzjuergenobsti) bildet hier jedoch eine Ausnahme, für diese gilt die Regel nicht.
Der Kopf von Männchen ist in der Regel massiger als bei Weibchen. Aber sehr alte Weibchen haben auch oft ziemlich massige Köpfe.
Augen
Die Farbe der Augen, um genau zu sein der Iris, kann Hinweise auf das Geschlecht geben. Aber: da gibt es je nach Herkunft viele Variationen. Daher ist es bei den üblichen Teichschildkröten oft nicht eindeutig, da diese seit Jahrzehnten in Gefangenschaft gezüchteten Schildkröten oft nicht mehr sicher einer Unterart zuzuordnen sind.
Weibliche Europäische Sumpfschildkröten haben eine gelbliche oder grün-gelbe Augenfarbe. Aber: es gibt auch Weibchen die „vermännlichen“, also im Aussehen mehr einem Männchen entsprechen als einem Weibchen. Dies nennt man Virilisierung. So ein virilisiertes Weibchen der Europäischen Sumpfschildkröte kann auch andere Augenfarben haben.
Die Männchen der Europäischen Sumpfschildkröte haben meistens rötliche oder weiß bis gelbe Augen.
Die Farbe der Iris hängt nicht nur von dem Geschlecht ab, sondern kann sogar während des Jahresverlaufes (je nach Hormonlage) anders sein. Es ist daher kein zuverlässiges Merkmal.
Krallen
Die Länge der Krallen sagt bei Europäischen Sumpfschildkröten nichts über ihr Geschlecht aus, sowohl Männchen als auch Weibchen haben kurze Krallen. Aber bei Männchen sollen die Krallen stärker gekrümmt sein als bei Weibchen.